В последние дни Второй мировой войны молодой пилот-камикадзе Коити Сикисима, не выполнивший свою смертельную миссию, вынужден совершить посадку на небольшом острове Одо, где располагается ремонтная база японской армии. Этот выбор, продиктованный нежеланием умирать, вскоре оборачивается для него встречей с настоящим ужасом. В тот же вечер на базу обрушивается атака невиданного существа – гигантского ящера, которого местные жители в страхе называют Годзиллой. Эта встреча становится для Коити травмирующим столкновением с силой, против которой бессильны человеческое оружие и сама идея воинского долга. Вернувшись после капитуляции Японии в полностью разрушенный Токио, он обнаруживает, что от его прежней жизни не осталось ничего: родители погибли, дом превратился в руины. Погружённый в глубокое чувство вины за своё выживание и невыполненный приказ, Коити пытается найти хоть какой-то смысл в существовании среди пепла и отчаяния послевоенной Японии. Его одинокое существование неожиданно обретает новые очертания, когда к нему присоединяется молодая женщина по имени Норико, которая, как и он, потеряла всю свою семью во время бомбардировок. С ней она приносит крошечного ребёнка-сироту, спасённого ею из-под завалов, и эта импровизированная семья становится для Коити хрупким якорем в море хаоса. Годы идут, страна медленно залечивает раны, а Коити находит работу в опасной, но необходимой команде по разминированию фугасов, оставшихся в Токийском заливе. Кажется, жизнь понемногу налаживается, пока однажды во время рутинной операции их хлипкое судёнышко не сталкивается лицом к лицу с кошмаром прошлого. Годзилла возвращается, но это уже не просто огромный ящер – после проведённых американцами ядерных испытаний на атолле Бикини чудовище мутировало, достигнув невероятных размеров и обретя ещё более разрушительную силу, питаемую самой радиацией. Его появление становится не просто новой угрозой, а воплощением апокалипсиса, физическим проявлением тех самых ядерных кошмаров, которые уже опустошили страну. Для Коити эта новая встреча превращается в личную битву, где на кону стоит не только выживание тех, кого он теперь считает своей семьёй, но и возможность наконец противостоять призракам своего прошлого и тому всепоглощающему страху, который он пронёс через все годы после войны.